根据《土地管理法》的有关规定，处罚方式主要有：
①刑事责任。
非法侵占征地费的行为，触犯《刑法》的有关规定时，要依照《刑法》第二百七十一条关于“公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位的财物非法占为已有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处五年以上有期徒刑可以并处没收财产”的规定，追究相应的刑事责任。非法挪用征地费，情节严重，触犯《刑法》的有关规定时，依照《刑法》第二百七十二条关于“公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷他人，数额较大，超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑”的规定，承担相应刑事责任。
②行政处分。
非法侵占、挪用征地费行为不构成犯罪的，要给予单位直接负责的主管人员和其他责任人员行政处分，包括警告、记过、记大过、降级、降职、撤职、开除留用察看、开除等。
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